Sujet : Epissage alternatif : ce n'est pas simple | |  Posté le 16-10-2010 à 13:21:34
| Beaucoup croyait avoir tout compris au fonctionnement général de l'hérédité il y a 30 ans (Un gène= une protéine et le reste n'était que "junkie"). Mais depuis cela se complique de plus en plus : l'épissage alternatif en est un exemple, il y en a d'autres comme l'influence de l'environnement sur la machine génétique, par exemple en neurologie
L'article ci-dessous parle de progrès récents sur la complexité de l'épissage alternatif qu'on imaginait mème pas il y a 20 ans.
Le deuxième code génétique
Un même gène peut coder des protéines différentes selon le type de cellules où il s'exprime. Désormais, on comprend un peu mieux les règles qui gouvernent cette diversité.
Loïc Mangin
L'idée selon laquelle un gène donné code une seule protéine a longtemps prévalu. Ce dogme s'est écroulé dans les années 1980 : un gène peut conduire à plusieurs protéines différentes. Mais les mécanismes sous-jacents au choix de la protéine fabriquée restaient largement inconnus. Une équipe au Canada est parvenue à les éclaircir en partie.
Dans les années 1960, les biologistes ont déchiffré le code génétique, c'est-à-dire le « dictionnaire » qui établit une correspondance entre l'information génétique et les protéines qu'elle code : à chacun des 43 = 64 triplets possibles de bases (A, T, C et G) de l'ADN d'un gène est associé un des 20 acides aminés disponibles (ou une instruction, telle que STOP) de la protéine que ce gène code. Ce dictionnaire, simple et efficace, a contribué à former le dogme « un gène – une protéine » ; et tant pis pour l'ARN, la molécule intermédiaire par laquelle l'information génétique est transcrite puis traduite en protéines.
Cependant, les ARN sortirent rapidement de l'ombre et on leur découvrit plusieurs rôles incontournables dans la vie cellulaire : on ne pouvait plus les négliger ! Parmi ces fonctions, l'une des plus étonnantes est l'épissage alternatif : il s'agit d'un phénomène grâce auquel un seul gène peut coder plusieurs protéines, parfois plusieurs milliers. Par exemple, les trois gènes nommés neurexin codent plus de 3 000 protéines qui participent à l'établissement des synapses dans le cerveau. Dès lors, on comprend mieux comment l'être humain, avec « seulement » quelque 20 000 gènes, peut disposer d'un nombre bien supérieur de protéines.
Toutefois, on ignorait tout de la logique du fonctionnement de cette « source de complexité ». L'enjeu est d'importance quand on sait qu'une perturbation de l'épissage alternatif conduit parfois à des maladies. Yoseph Barash, Brendan Frey et Benjamin Blencowe, de l'Université de Toronto, au Canada, et leurs collègues ont réussi à y voir plus clair dans ce désordre apparent.
Comment fonctionne l'épissage alternatif ? Chez les eucaryotes (les organismes, tel l'être humain, dont les cellules sont pourvues de noyaux), les gènes ne sont pas d'un seul tenant, mais constitués de plusieurs fragments, les exons et les introns : seuls les premiers participent au codage des protéines. Lors de l'épissage, les introns sont éliminés et les exons sont raboutés en un ARN messager dit mature : c'est lui qui est ensuite traduit en protéine. Mais parfois, certains exons sont eux aussi mis de côté et n'interviennent donc pas dans la fabrication de la protéine. Ainsi, à partir d'un nombre donné d'exons dans un gène, c'est tout une combinatoire qui est autorisée.
L'une des difficultés pour comprendre les ressorts de l'épissage alternatif est qu'il dépend des séquences à la frontière des introns et des exons, mais aussi d'une multitude d'autres séquences, situées dans les exons et dans les introns. Ces séquences dites auxiliaires sont reconnues par des facteurs de régulation qui favorisent ou à l'inverse empêchent l'épissage de tel ou tel morceau. Une autre difficulté tient aux effets variables d'une séquence auxiliaire selon sa position dans le gène. Comment s'y retrouver dans cet imbroglio de relations ?
L'équipe canadienne a utilisé deux types d'informations : d'abord, une liste de près de 3 000 exons de gènes liés à quatre types de tissus différents (cerveau, muscle, cellules embryonnaires, tube digestif) ; ensuite, un répertoire de milliers de séquences auxiliaires (identifiés par des années de travaux de différentes équipes). Les biologistes ont aussi tenu compte de l'organisation spatiale des exons et des introns. L'ensemble de ces données a alimenté un algorithme informatique qu'ils ont mis au point et qui a livré de nombreux résultats.
Le programme a identifié les exons alternatifs (ceux qui ne sont pas gardés à chaque fois) ainsi que leur destin (conservation ou élimination) selon les tissus où le gène s'exprime. En outre, il a identifié les combinaisons de motifs (séquences frontières, séquences auxiliaires, etc.) qui correspondent le mieux à telle ou telle sélection d'exons. L'algorithme a aussi mis en évidence une classe d'exons, inconnue jusqu'alors, dont l'inclusion, qui conduit à des protéines non fonctionnelles, est fréquente lorsqu'on passe de tissus embryonnaires à des tissus adultes.
En fin de compte, un nouveau code a été mis au jour, qui éclaire la mécanique des réarrangements d'information génétique contenus dans les gènes selon les cellules. Ce code gagnera sans doute en précision à mesure qu'il sera testé (et conforté par les innombrables résultats d'analyses à haut débit effectuées par les biologistes du monde entier, notamment avec d'autres types de tissus que ceux étudiés ici. |
| | Posté le 16-10-2010 à 14:54:26
| | A propos on vient de tenter de réparer, grâce à la greffe de cellules souches, la moêlle épinière, maintenant il faut attendre le résultat et si cela réussi ce sera un bouleversement dans les thérapies notamment des accidentés de la route et des gens qui n'avaient aucun espoir de quitter leur fauteuil roulant ou de refaire l'amour, vont à nouveau le pouvoir, mais là je m'emballe et je vais un peu vite, vaut mieux attendre! |
| | Posté le 16-10-2010 à 14:56:01
| Mais il n'y a pas moyen de trouver le moindre site web qui explique ce qu'on sait de ce nouveau code.
Ou alors on sait (?) juste que ce code doit exister, mais on ne l'a pas encore décodé ? |
| | Posté le 16-10-2010 à 18:51:35
| | ben si c'est le séquençage et les mémoires semblent se trouver parmi les cellules souches. |
| | Posté le 16-10-2010 à 19:07:04
| voilà ce qu'il en est dit :
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Epissage alternatif de l’ARN
L'épissage de l'ARN est un processus post-transcriptionnel essentiel et réglé avec précision qui intervient avant la traduction de l'ARNm.
On pense qu'au moins 70 % des quelque 30 000 gènes qui composent le génome humain subissent un épissage alternatif et que, en moyenne, un gène donne naissance à 4 variants issus d'un tel épissage, pouvant donner naissance à environ 100 000 protéines différentes de par leur séquence et, du coup, leurs activités.
Un gène est d'abord transcrit en ARN pré-messager (pré-ARNm), copie de l'ADN génomique contenant à la fois des introns (devant être éliminés lors de la modification du pré-ARNm) et des exons (devant être conservés dans l'ARNm pour le codage de la séquence protéique).
Durant l'épissage de l'ARN, les exons sont soit conservés dans l'ARNm, soit ciblés en vue de leur élimination suivant diverses combinaisons qui mèneront à la création d'un réseau varié d'ARNm à partir d'un seul pré-ARNm. Ce processus s'appelle épissage alternatif de l'ARN.
Les types d'altérations observés englobent le saut d'exon, la rétention d'intron ou l'utilisation de sites d'épissage donneurs ou accepteurs alternatifs. Ces altérations donnent naissance à différentes isoformes protéiques dépendant du tissu, de l’état de développement ou à différents états pathologiques.
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| | Posté le 16-10-2010 à 19:14:09
| | me demandez pas de vous expliquer exactement ce que ça signifie , je ne le pourrait pas car je ne suis pas technicien biologiste, la seule chose que je peux dire c'est qu'il s'agit des constuant chimique qui rentre dans l'Arn de l'a double hélice et qui forme les adénine cithosine...et qui ainsi code le génome des cellules, si c'était à refaire j'aurais essayé de travailler dans le domaine de la bio car c'est passionant. |
| | Posté le 16-10-2010 à 21:46:12
| Mais c'est quoi ce code ?
Et ou se trouve-t-il ?
Dans l'ADN que l'on croyait non-codant et qui se trouve entre les gènes ?
Ou alors à l'intérieur même des introns ?
Est-il dans l'ADN ou alors est-il formé par des protéines fixées sur l'ADN ?
Pas moyen d'avoir des précisions.
On dit juste qu'il y a un code mais on ne dot pas comment il est constitué. |
| | Posté le 16-10-2010 à 23:37:40
| | http://www.youtube.com/watch?v=pY4sx-VvhAs |
| | Posté le 16-10-2010 à 23:47:12
| | http://www.youtube.com/watch?v=i9uxorCS-9Y&feature=related |
| | Posté le 17-10-2010 à 00:36:38
| Atil a écrit :
Mais c'est quoi ce code ?
Et ou se trouve-t-il ?
Dans l'ADN que l'on croyait non-codant et qui se trouve entre les gènes ?
Ou alors à l'intérieur même des introns ?
Est-il dans l'ADN ou alors est-il formé par des protéines fixées sur l'ADN ?
Pas moyen d'avoir des précisions.
On dit juste qu'il y a un code mais on ne dot pas comment il est constitué. |
peut être Millie trouvera l'explication du mystère 
Sinon il y a ça :
http://www.youtube.com/watch?v=asqrjSoPIJM&feature=related |
| | Posté le 18-10-2010 à 11:33:39
| Atil a écrit :
Mais c'est quoi ce code ?
Et ou se trouve-t-il ?
Dans l'ADN que l'on croyait non-codant et qui se trouve entre les gènes ?
Ou alors à l'intérieur même des introns ?
Est-il dans l'ADN ou alors est-il formé par des protéines fixées sur l'ADN ?
Pas moyen d'avoir des précisions.
On dit juste qu'il y a un code mais on ne dot pas comment il est constitué. |
en fait tu voudrais connaître le secret de la vie, même un biologiste encore aujourd'hui semble ne pas connaître la totalité du phénomène et peut être espères tu ainsi trouvé le secret de la fabrication de l'âme, tu voudrais te prendre pour Millie, je voulais dire pour dieu, à propos elle pourrait nous proposer une théorie dalahienne intéressante non? |
| | Posté le 18-10-2010 à 13:09:53
| Comment peut-on nous dire qu'on a trouvé un nouveau code dans l'ADN alors qu'on ne nous dit même pas comment est constitué ce code ?
Je me demande s'il s'agit vraiment d'une découverte ou alors d'une simple hypothèse. |
| | Posté le 18-10-2010 à 13:57:11
| | c'est pour le moment empirique c'est de l'observation peut être des application par la suite mais déjà avec l'aide de cellules souches celle là même qui produiseent les phénomènes de la création et multiplication des cellules, on vient de pratiquer une grffe à un handicapé moteur qui a eu la moelle épinière partiellement détruite et qui ne dispose plus de ses jambes, là ce sera intéressant de voir les résultats et ça pourrait être des miliers de personnes qui sortiraient de leur fauteuils roulants et retrouveraient la norlmalité! si ça réussi évidemment. |
| | Posté le 20-10-2010 à 11:37:37
| J'ai beaucoup de mal à suivre... Mais, cela ne revient-il pas à dire qu'avec 20000 boules blanches et noires on fait beau coup plus que 20 000 associations toutes différentes les unes des autres?
On progresse sur la route mais celle-ci ne semble-t-elle pas illimitée?
Quand on recrée de la vie, est-ce bien à la suite d'un processus logique, cohérent, analytique ou bien est-ce un coup de bol dans un ensemble expérimental? Même quand on part de données scientifiques évidentes... L'arrivée est-elle réellement "comprise"?
Seuls les spécialistes "non militants" peuvent s'exprimer sur une telle complexité... Non?
J'ai bien compris que Martiko et Thersite sont dans le coup... jusqu'où? |
| | Posté le 20-10-2010 à 11:38:53
| tayaqun a écrit :
J'ai beaucoup de mal à suivre... |
C'est bien de t'en rendre compte, crétin d'homophologie |
| | Posté le 22-10-2010 à 18:02:20
| | Pas tao dont le neurone à tout faire se repli sur lui même pour dupliquer la pensée du maître... |
| | Posté le 23-10-2010 à 11:19:44
| Hier soir sur ARTE, un documentaire 'Ce que Darwin ne savait pas encore'. après une demi-heure d'hagiographie de Darwin qui tenait du culte religieux et n'apportait rien à qui avait vu ou lu sur Darwin et sa découverte, en dehors de quelques scènes du culte périodiques, cela devenait interessant et mème impressionnant sur les découvertes des dix dernieres années sur les gènes et la manière dont leur expression fonctionne ou ne fonctionne pas suivant leur environnement dans le corps.
Bie entendu, c'était une vue simplifiée pour profanes et Atil n'aurait pas été satisfait qu'on ne lui donne pas le mystérieux et astucieux algorithme de cryptage qui le ferait jouir de satisfaction intellectuelle , mais cela relève peut-etre simplement de vulgaires tables de relations sans sophistication .
Edité le 23-10-2010 à 11:25:09 par thersite
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| | Posté le 23-10-2010 à 19:51:03
| merde je savais pas, je l'ai pas vu!  |
| | | | Posté le 24-10-2010 à 13:19:51
| merci, c'est vrai j'avais oublié et pourtant ils donnent l'adresse chaque fois, mais je suis une mule je n'écoute plus rien.
Merci Ourob! |
| | Posté le 24-10-2010 à 18:10:36
| | ne me remercie pas ,pendant que tu regardes le reportage,tu bloques pas les raffinerie |
| | Posté le 24-10-2010 à 23:46:21
| | OUI! mais c'est beaucoup plus facile que de bloquer Millie! |
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